Skin.tmcmeshの抽出でトチってたわけですが
手順書の
■ 肌オブジェクトの不要部分を削除
コスチューム部分と重なって見えない部分は突き出てくる場合があるのでその部分を削除します。
（今回はとりあえず脛部分のみ削除しています）
1. プルダウンを「WGT_body_9」に変更します。
2. 「対象を含む面のみ削除」にチェックを入れます。 ←この時点ではまだチェック入れることができなかったです
そしてチェック入れ忘れたまま足全部消したままSkin.tmcmeshを作ってしまっていたというミスをやってしまいました