不要な物理シミュレーションとそこで使用しているボーンということでしたら、
少し手間がかかりますが、こんな感じで削除できます。
■ TMC Object Toolでの作業
1. TMCを開きます
2. 不要なボーンを使用しているオブジェクトグループのうち、必要なオブジェクトの「メッシュデータを抽出」します
3. そのオブジェクトグループ内のオブジェクトを全て選択して「頂点・Idxを全て削除」します
4. そのオブジェクトグループを選択して「Blend Indexを削除」します
5. 保存します
■ TMC Bone Toolでの作業
1. 保存したTMCを開きます
2. 物理シミュレーションタブに切り替え、さらにタブ部分のチェックを入れます
3. 使用しない物理シミュレーションを選択して「削除（ボーンを含む）」します
4. 保存します
あとは抽出しておいたtmcmeshをTMC Polygon Insert Toolで元のオブジェクトに挿入すれば完了です。
不要な物理シミュレーションとそこで使用しているボーンを削除するには、
TMC Bone Toolで「削除（ボーンを含む）」をすればいいのですが、
それを行うために他のツールでの作業が必要になります。