現状では物理シミュレーションが設定されているボーンの一部だけを削除できませんが、
メッシュが無い部分のボーンのコリジョンが問題になっていると思いますので、
以下のような対応でいける気がします。
（ただし実際にやったわけではないのでうまくいくかは分かりません）
1.Blenderで使用していない部分のボーンを髪の先端あたりまで移動してtmcboneで書き出し
2.書き出したtmcboneをBone Toolで適用
Bone Toolで適用する時は物理シミュレーションの再計算にチェックを入れるのを忘れずに。