まずバックアップは必ずしてください
1.用意するもの
lnk_reshuffle
Texture Tool JPN Custom 0.14.2
差し替えたいコスのPファイル
2.PﾌｧｲﾙをTexture Toolにドロップしてアイコン画像を書き出しておいてください
3.lnk_reshuffleを立ち上げ上部のAsset Browserのタブをクリック
検索欄にCSICONと打ち込んでください（必ず半角大文字で）
検索されたファイルが一覧で出てきますので右のextract allをクリック
これでlnk_reshuffleフォルダにデフォルトだとoutフォルダが出来てるはずです
各キャラずつ拡張子がSPRとLTFのファイルがあると思いますがふたつでひとつのファイルと考えてください
ここにCOSのアイコン画像が格納されています
基本的にUPD01があるキャラはこちらを書き換えます
5.Texture ToolにSPRファイルをドロップして中身を表示
目的のところで書き出したアイコン画像を差し替えもしくは表示された画像に直接ドロップ
上書き保存で完了です
6.あとはAsset Browserで表示された同じファイルをPick Fileで選んでSwapで完了になります
欠点としては同じフォーマット形式ではないせいか透過表示になる点です
Texture toolにSPRファイルを入れてモノクロ画像を表示して上部にある設定のカラーパレットを使用で表示するとゲーム内のアイコンとしてきちんと表示されるのですが仕組みがよくわかりません
GIMPとフォトショを使って色々試していたのですが挫折しました
こんなんでよろしければ試してみてください
長文失礼しました