「ゼロの執行人」は、東京サミットの開催の地である東京湾の新施設エッジ・オブ・オーシャンで大規模爆破事件が起き、現場の証拠物に残された指紋が、かつて警視庁に在籍していた毛利小五郎の指紋と一致してしまう……という展開。
コナンと安室が、小五郎の逮捕を巡って敵対する。