システムドライブのProgram FilesまたはProgram Files(x86)にインストールしているという可能性は？
このフォルダってVista以降ではシステム保護フォルダなので
管理者権限がないと起動したソフトウェアからフォルダ内データを変更できない。
例えば一般セーブデータ・クイックセーブ・既読フラグデータ・CGシーン閲覧フラグ・その他フラグなどで変更は起こり得る
その辺のエラーが起こってフルスク解除というのもありえなくはない話
一度管理者権限で起動してみては。
ゲームは基本的にその手の保護フォルダにはインストールしない方がいいです。
他にありえそうなのはグラフィックドライバやDirectX関連ファイルの破損
セキュリティソフトが悪さしてソフトウェア（ゲーム）自体の挙動をブロックしているなど