要するに他のコンテンツが台頭してきて競合して敗れたってことだろう
20年前の一大ブームの頃はネット普及初期だったからそれらがなく
萌えコンテンツを占有できていた

そこへソシャゲやPixivは言うに及ばず、同人ゲームもFANZAやDLSiteで
容易に入手できるようになった
さらにゲーム以外にもきらら系4コマでけいおん、学園ラノベではハルヒといった
映画化するレベルのヒットが出てきて萌え市場をガッツリ喰われた

結局のところそうした外的要因や環境変化に対処できなかったのが原因やね