無料版のUnityで開発したゲームは、一切ライセンス料発生しませんが。
http://japan.unity3d.com/company/contact/faq
Unity を使って開発したアプリケーションを販売するとロイヤリティ(利用料)が発生しますか？
いいえ！ Unity はあなたが開発したアプリケーションについて、ロイヤリティやレベニューシェアといった追加の費用を要求しません。
これは有料版のUnity Proに限った話ではなく、無料版の Unity でも同様です！
無料版の Unity で作ったゲームを販売して、お金を儲けることは出来ますか？
どうぞ！ぜひそうして下さい :)
そして、もしそうした幸せな状況になったときにも、私達にロイヤリティをお支払い頂いたり、レベニューシェアの契約をしていただく必要はありません！
そして、もしあなたのゲームが沢山売れたら、よかったら Unity Pro を買ってくださいね！ ;D