すまん、せっかくなので自分の環境であった現象を書いておく。おま環もあると思うので参考程度に見てくれ
ちなみに全部解決済み

1.長時間たくさん作業しているとあるバッファが、座標位置の参照にされる
事例)多数Hパートで位置座標を弄ったら、何故かADVパートのキャラ位置がズレていることがあった。
  でも1回落とせば問題なし。
  ADVパートの座標位置アドレスが他のメモリ位置を参照するようになった?


2.ADVパート中のポーズ設定で操作FKに設定して、Hパートへ移行するとIKが設定通りになっていなかった
事例)ADVパートを通り、Hパートへ行くとIKが滅茶苦茶になっていることがあった
  操作FKで設定されたポーズでHパートを行おうとしていた?
  直前のADVパート中のポーズ設定を操作IKに設定すれば解決できた。