歪みが大きくならないと令和にはならんでしょ？でも司は帰れた、てことはあの時点では帰れる程度の歪みしか無かったわけで、つまりはまだ未来は桜雲だったと思うんだよ(この時点で令和ルート入ってたなら司が帰れそうにないので)
で、司が帰った後に所長が桜雲にさせないように正史から外れる行動をした、つまり歪みを大きくした、結果令和になる
じゃないと司が帰れて未来が令和になっていることに説明つかなくない？さくレットに関しては「司が帰った未来が令和になった」という結論ありきで考えていいと思う、実際そうなった訳だしそれがさくレット世界の正解なんだろう