VRCaptureが使えなかったので、
OBS-OpenVR-Input-Pluginを試したところ
一応VRの左右の目をキャプチャはできましました。

ただ、立体視できる動画を作るのは
591のツールを使ったほうが良さそうです。

立体には見えないけど一応
https://www.youtube.com/watch?v=dpLB7vuK_T8
※Lo氏のジョーバお借りしてます