ご回答ありがとうございます！
「アイコンダブルクリック」というのは「VaM_Updater」フォルダー内の
「VaM.exe」をダブルクリックで起動ということで合っていますでしょうか。
よければ「起動時にダブルクリックしているファイルの名称」と
前述されたSteamVR起動状態で実行する以外に特別な事をしている等あれば
ご教示いただけると幸いです。（起動オプションに何かパラメータを指定しているのであればその値など）
私の環境が問題なのか、原因切り分けのため検証してみました。
いずれもSteamVR起動後にHMDが接続状態・コントローラが認識されている状態で「VaM.exe」をダブルクリックで実行しています。
※ 「VaM (OpenVR).bat」からの起動の場合、必ずフリーズ・クラッシュしてしまい起動できませんでした。
〇VR Performance Toolkit v0.3導入前
コントローラが認識されてこれまで通りVaMが利用できる
〇VR Performance Toolkit v0.3導入後
コントローラ（私の設定だと男性の手）とポインタが表示されずボタンを押しても何も反応がない。
ただしシステムボタンを押すとSteamVRのシステムメニューは表示される（アプリの起動・終了などを行うメニュー）
以下はVR Performance Toolkit導入手順です。
①VR Performance Toolkit v0.3をDL後、「dxgi.dll」(64bit版)と「vrperfkit.yml」を「VaM.exe」と同じフォルダへコピー
②「upscaling」→「method」をnisへ
③nvidiaコントロールパネルのイメージスケーリングをon
何とかFPSを稼ぎたく、お心当たりあればアドバイスをいただけないでしょうか。