自分が>>367のガイドラインに沿って実際にやっている手順は次の通り

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1)「FNIS」「Nemesis」「FNIS creature pack」をMO2にインストールし、FNIS、NemesisをMO2に実行ファイルとして登録

2)「FNIS Output」と「Nemesis Output」という名前の2つのフォルダーをMO2で作成し、MO2の実行ファイル設定に登録

3)「FNIS」と「FNIS Output」を有効、「Nemesis」と「Nemesis Output」を無効にする

4)FNISを実行

5)「FNIS」のみを無効、「FNIS Output」は有効のまま残す

6)「Nemesis」と「Nemesis Output」の両方を有効にする

7)Nemesisを実行

通常は「FNIS creature pack」「FNIS Output」「Nemesis」「Nemesis Output」が有効な状態になっていて
アニメーションファイルが増減した際は3〜7の手順で処理をする
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SBCの拘束ポーズの不具合がでるまではこれで特に気になる問題は発生したことはなく
LLのSBCのforumでもFNIS+Nemesis環境での不具合報告はなかったので
「Nemesisを使うと不具合が必ず発生する」ということじゃなさそうです

ちなみにZaZは入れてますがDDは未導入で、Nemesisを実行すると
登録数が30000を超えてプログレスバーが真っ赤になってました