誰か気になった人がいたらと思い一応書きます。
躓いていたのは、やはりSteamVRのコントローラーバインドでした。
VRではないsteamでsteamストア以外のアプリとしてVaMをライブラリに追加して、その設定のなかのVRアプリであるという項目にチェックを入れるとSteamVRのライブラリにVam が入ります。
これをしなかったせいでsteamVRでVamのコントローラーバインド設定が出来ませんでした。
あとはVirtual Motion Trackerの使い方ページの説明通りにVaMのコントローラーバインド設定をしたら、vamがトラッカーを認識してくれました。
やっとウェブカメラでフルトラ出来ました。（ただし精度は出ません笑）