↑ごめん。

縦書き勢には嫌がらせとしか思えない
ー、〜
を今までは独立したセリフアイテムとして編集していたが
根本的な対処法を見つけたので報告(要SB3Utility)。

たまにしか覗いてないので既出ならすまぬ。

abdata\adv\info\00.unity3d内のMonoBehavior
ShiftCharacter_00の「ー」「〜」のY軸の値を0に(もしくは行毎削除)

・あと縦書きでも横書きでも方向が逆になる「…」の縦横入れ替え:
abdata\adv\info\00.unity3d内のMonoBehavior
NonRotatableCharacter_00の対象文字に「…」を追加。

値を修正するだけならSB3Uで直接編集でいいけど、
行の追加がなんか不可能みたいなので
当該MonoBehaviorを選択後、Assets→Exportしてテキストエディタで編集してから
Assets→ReplaceFilesで入れ替えた方が楽。
ReplaceFiles時は当該MonoBehaviorと同名でないと置換されないので注意。