MorphMergeAndSplitでモーフ出力したことが原因で
「首後ろ？の形が突き出るキャラばかり」になったことがないので
質問の主旨からは少し外れるかもしれませんが
思い当たる同様の症状としてはBody Scaleモーフで低身長化
＋Head Scaleで頭を小さく調整している場合ですね
もしそうならPicoVAM氏のHead Scale Neck Fix
https://hub.virtamate.com/resources/head-scale-neck-fix.25904/
と標準モーフのNackBackUnを使うことで多少改善されます
が、低身長化が激しいと上記モーフによる補正もあまり効かなくなります