最新のTimeLineプラグインで問題が発生している人は
単純に問題がないと思えるバージョンを使えばいいんじゃないかな

/Saves/scene/に保存されている自作シーンの〜.jsonを複製＆リネームして
テキストエディタで開いて「.Timeline.」で検索したら2か所くらいにバージョン番号付きの記述が見つかるから
そのバージョン番号をお目当ての古い番号に書き換えて保存しておけば
大幅に新機能とか新仕様とかがない限り、リセットさせることもなくバージョンダウンできる

もちろん自己責任でよろしく