TimelineのタブにあるPose機能は
キーとして保存されていない各部位の状況(位置や回転の値だけでなくリンクやステータスも)などもすべて
各Animationの開始時に記録時と同じ状態にするために保存・再現するものなので
まったくそれを利用していないとなるとAnimationを行ったり来たり再生するごとに
キー保存されていない部位がずれてしまうこと（手の位置は再現できても肘が別のモーションの影響を
引きずっていることで同一の結果にならない、等）は当然の結果です
また、TimelineのPoseで記録した情報とその後にキーの編集を重ねた結果が一致しない場合にも
Animationの開始時に思わぬ結果が引き起こされることがあるので、
TimelineのPoseの更新が必要なこともあります
これらのことを理解しないでTimelineを使うと「思ってたのと違う」ということになりかねないので
以下のチュートリアルやWikiで使い方を研究することをお勧めします
asco's Timeline Tutorials
https://hub.virtamate.com/resources/ascos-timeline-tutorials-1-5.31540/
Wiki
https://github.com/acidbubbles/vam-timeline/wiki