ざっくりだけど
(1) zipmodをzipにして開く
(2) 中にある.unity3dファイルをSB3Uで開く
(3) 加工したいオブジェクトを.fbx形式でエクスポート
(4) blenderでfbxを加工してfbxでエクスポート
(5) .unity3dファイル内のオブジェクトを加工済みに置換して上書き保存
(6) （元のmodと併用したい場合のみ）zipmod内のcsvファイルの参照先情報を変更
(7) zip化してzipmodにしてコイカツ側で確認
一番きつい作業はblenderでの加工とblenderからのエクスポート設定